"「トレハロース問題」の真相、「感染症の原因に」論文は矛盾だらけ"という記事が回ってきたので読んでみました。当該論文や関連記事へのリンクも付いているので、とてもよくまとまった記事という意味では参考になります。
論調としては、（１）トレハロースの利用とDC菌の流行のタイミングが合わない、（２）トレハロース自体は天然にも存在する物質であり、米国での摂取量も多いとは言えない、（３）トレハロースを欧米よりも多く摂取している日本では強毒性のCD菌の流行は起きていない、（４）マウスへの投与実験からの結論に問題がある、ということを述べており、先に紹介したトレハロース製造会社からの見解をさらに詳しくしたものとなっています。
しかしながら、もともとのNature論文で述べられているような分子レベルの解析については触れられていません。一番のポイントは、マウスへの実験ではなくて、培養実験です。トレハロースの存在下で正常型のCD菌を培養すると、トレハロースを利用できるような変異体の菌が生じる、という点が問題なのです。また、上記記事によれば、トレハロース製造会社の動物実験データにおいて、トレハロースは腸内でグルコースという糖に分解されるということなのですが、Nature論文では、通常の食事を摂るヒトの腸内（より正確にはイレオストミーより採取した液中）でトレハロースが検出されるとなっています。
つまり、Nature論文は食品としてのトレハロースの安全性を問題にしているのではなくて、由来が天然であれ合成されたものであれ、トレハロースにより菌が変異して強毒性の株が現れるという、一種の進化メカニズムがあるということを指摘しているのです。これは、従来、抗生物質の使用によって耐性菌が生じるという考え方が一般的であったところに、他の可能性もあることを示していることになります。
トレハロースの摂取を（天然であれ合成されたものであれ）少なくすることによって、CD菌による腸炎の症状を軽減できるのかどうかについては、臨床的な研究も必要でしょう。
詳しくは、西川伸一先生の一般向けYahooブログと、さらに専門家向けのブログを参考にして頂くのが良いと思います。
図は元のNature論文のFig. 6を転載しました。上段はCD菌のRT027という変異株に関する最初の報告やアウトブレイク、下段はRT078株について、PubMedという医学関係データベースより作成したものとのこと。
（2018年2月15日大隅典子の仙台通信より転載）