豊洲市場の地下が空洞になっていた問題で、前大阪市長の橋下徹氏が9月19日、自身のTwitterで、「石原元知事は、地下空洞問題からは逃げられない」とツイートし、市場移転問題の経緯を知る石原慎太郎元都知事にもこの問題にかかわる責任があるとの考えを示した。
2011年8月に交わされた、建物下に盛り土をしないとの内容の工事契約書に、石原氏の承認の印鑑があったとのTBSニュースなどの報道を受けたものとみられる。石原氏は当初、全く知らなかったとして「私もだまされていた」などと説明していたが、元職員が「石原氏に検討を指示された」との証言を受けて、関与を認めている。
息子でタレントの石原良純氏は、「そのやりとりも大して覚えてないわけよ。いっぱい仕事をしている中だから」などとテレビ番組で発言し、擁護している。
一方で橋下氏は自身の大阪府知事や大阪市長時代を引き合いに「毎日毎日とんでもない量の決裁をやっていたが、肝心なポイントは外さないように担当職員に確認してチェックしていた」として突き放した。
石原氏に対し、橋下氏はTwitterで次のような投稿をしている。
■盛り土問題での石原氏発言の変遷
9月13日「私もだまされていた」（BSフジ「プライムニュース」）
9月15日「全部、下（都職員）や専門家に任せていた。建築のいろはも知らないのにそんなこと思い付くわけがない」
※当時の東京都中央卸売市場長だった比留間英人氏「石原氏から『こんな案があるから検討してみてくれ』と指示を受けた一方で、後日「採用できませんでした」と報告。石原氏も了承した」（東京新聞9月16日）
9月17日「（外部の）専門家からこういう話があるから考えた方がいいと比留間氏に言った」「元秘書が詳細を覚えていた」として訂正