百田氏の発言は、普天間基地の移設問題で政権批判を強める琉球新報と沖縄タイムスを指したと見られる。この発言に、菅義偉官房長官が「地元メディアの報道は許された自由だと考える」と述べたほか、閣僚や党幹部からも批判が出ている。
石破茂地方創生担当相は「我々は政権の側にいる。言論の弾圧と受け取られかねないようなことは心していかねばならない」と批判。山口俊一沖縄・北方担当相は「自民党本部でやった会合。場所柄を考えていただきたい」と述べた。党内でも懸念する声が上がっており、谷垣禎一幹事長は２６日午前の記者会見で「メディアに対して批判、反論はあっていいが、主張の仕方にも品位が必要だ」と苦言を呈した。
（百田氏発言：「沖縄の新聞社潰せ」…自民「謝罪する」 - 毎日新聞 2015/06/26）
百田氏はこれまでもたびたび問題発言をし、批判されている。
ＮＨＫ経営委員任期中の１４年２月に東京都知事選の応援演説で「南京大虐殺はなかった」、同年６月に静岡市の講演会で「日教組は日本のがん」などと発言。同９月には、短文投稿サイト「ツイッター」で、死去した土井たか子元社民党党首を「売国奴」などと批判し、社民党から経営委員の辞任を求められた。
（「沖縄の新聞つぶさないと」 百田尚樹氏が暴言 - 社会 : 日刊スポーツ 2015/06/26 11:51）
※14:38更新
安倍晋三首相も、百田氏の発言について言及した。
安倍晋三首相は２６日午前の衆院平和安全法制特別委員会の集中審議で「報道が事実なら大変遺憾だ。（勉強会は）党の正式会合ではない。有志の会合だ。発言がどのように報道されたかは確認する必要がある」と述べた。
（百田氏発言：安倍首相「事実なら大変遺憾だ」 - 毎日新聞 2015/06/26）
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