主人公・アトムの誕生日は2003年4月7日。事故で一人息子の飛雄（とびお）を亡くした科学省長官の天馬博士が、息子そっくりのロボットを造りあげた日が、この日に設定されていた。
本当にアトムが誕生していたら2016年で13歳になっていることになる。しかし、ロボットは年を取らず、成長しないことに腹を立てた天馬博士は、つくったロボットをサーカスに売り飛ばしてしまった。
その後、新しく科学省長官になったお茶の水博士に救われたアトムだったが、人間を守るために戦っても、何か問題が起こると「ロボットなんかやっぱり信用できない」と言われ、差別を受けることがあった。手塚氏はロボットに対する差別を人間同士にもある差別になぞらえ、次のようにメッセージを残している。
私たちの中にも「育ちが違うから」とか「結局、外国人だからな」なんて思ってしまう差別的な心がありますね。
あなたはいま、あなたの周りの「アトム」につらい仕打ちをしていませんか？
「おとななんて信用できない」「最近の子供は何をするかわかったもんじゃない」なんていう世代間差別はもちろん、「最新のゲームを持ってなきゃ仲間に入れてやらない」なんて差別もあるかもしれません。
そんな身近なところから、いまも地球の上で繰り返されている「民族差別」「宗教差別」による戦争の芽が育って行くのです。