国会会期末直前の6月16日、参院予算委員会では学校法人「加計学園」の獣医学部新設計画をめぐる問題の集中審議が開かれた。
この日の審議では、萩生田官房副長官が加計学園に有利になるような条件を指示したとする内閣府から文科省に送られたメールについて、山本幸三・地方創生相が「（送信したのは）文科省から出向してきた人で、陰で隠れて本省の方にご注進したようなメール」と、官僚を非難するような発言をし、議場が紛糾する場面があった。
「総理のご意向」文書、文科省と内閣府で見解食い違う
内閣府が「総理のご意向」「官邸の最高レベル」などとして、文科省に対し早期開学を促していたとされる文書をめぐり、文科省と内閣府の見解が食い違っていることを受けて、野党側は山本幸三地方創生相や、萩生田光一・官房副長官を追及した。
文科省は15日、加計学園をめぐる文書が存在するか再調査した結果の結果、「総理のご意向」などと記された文書など14の文書を確認したと公表。「内閣府からそのような発言があった」と文科省職員が認識していたことを明らかにした。
さらに文科省は、国家戦略特区での獣医学部新設の事業者選定の要件について、萩生田光一・官房副長官が内閣府に対し、実質的に加計学園しか応募できなくなる要件を指示したとされるメールも公表した。
メールは2016年11月1日、内閣府の地方創生推進事務局から文科省の行政改革推進室に送信されたものだとされる。文面には「添付PDFの文案（手書き部分）で（選定要件を）直すように指示がありました。指示は藤原審議官曰く、官邸の萩生田副長官からあったようです」と記されている。このメールから8日後、安倍政権の「国家戦略特区諮問会議」は、52年ぶりの獣医学部新設を可能とする決定を下した。
「藤原審議官」とは、内閣府で規制改革を担当する藤原豊審議官を指すものだとされる。「総理のご意向」「官邸の最高レベル」と発言したとされる人物だ。また、萩生田官房副長官は、落選中に加計学園系列の大学で客員教授を務め、報酬を得ていた。また、現在も系列大の「名誉客員教授」の肩書を持っている。
これに対し、山本地方創生相は、16日午前の記者会見で内閣府の調査結果を公表。関連する文書は「8種類あった」と明らかにした一方、「内閣府から文科省に、個別の項目や個別のプロジェクトについて『官邸の最高レベルが言っている』とか『総理のご意向』などと伝えた認識はなく、また総理からもそうした指示などは一切なかった」と話した。
藤原審議官「『総理のご意向』『官邸の最高レベル』と伝えていない」
藤原審議官（右）
文科省と内閣府、それぞれの調査結果に差異が見られることから、16日の参院予算委員会では野党が批判を強めた。質問に立った民進党の福山哲郎氏は、予算委員会に呼ばれた藤原審議官に対し「『総理のご意向』『官邸の最高レベル』と発言した記憶はあるか」と問うた。
藤原審議官は「文書やメールの有無にかかわらず、文科省の管理職との面談において、獣医学部新設という個別項目について、『官邸の最高レベルが言っている』『総理の意向と聞いている』と伝えた認識はない。総理からもそうした指示は一切ない」と、文科省の調査結果と食い違う証言をした。
萩生田・官房副長官「獣医学部新設要件の指示していない」
萩生田副長官
また福山氏は、萩生田官房副長官が内閣府に対し、実質的に加計学園しか応募できなくなる要件を指示したとされるメールについても追及した。
文科省が公表したメール文書では、「藤原審議官曰く、萩生田副長官の指示」などと記されていたことから、福山氏は藤原審議官に「要件の文案に手書きで手を加えてくれと萩生田副長官からの指示として、文科省にお願いしたことはあるか」と質問。
これに対し藤原審議官は「山本大臣が、文科省意見で指摘された日本獣医師会等の理解を得やすくする観点から、対象地域をより限定するご判断をされた。『広域的に限る』と追記するよう指示を受け、私が手書きで文案に修正を加えた」と説明し、萩生田副長官からの指示ではなかったとした。
その上で、「こうした一連の情報は直属の部下にしか伝えていない。本件メールの作成者、送信者は直接の部下ではなく、一切伝えていない」と、自身の関連を否定した。
福山氏は萩生田副長官にも「副長官からの指示と書かれているが、指示を出したのか」と質問したが、萩生田副長官は「とりまとめ文案に私が修正の指示をしたことはまったくない。昨日文科省が公表したメールにはたいへん戸惑いを感じている」と自らの関与を否定。文科省の再調査結果に疑問を呈した。
山本地方創生相「陰で隠れてご注進したメール」⇒野党は猛反発
山本地方創生相
萩生田副長官が指示したとされるメールについては、山本地方創生相も答弁に立った。ところが、「（メールの作成者は）文科省から出向してきた人で、まあ不適切なことでありますが、陰で隠れて本省の方にご注進したようなメールだ」と、職員を非難する発言をした。これには野党側が反発し、「えー！？」という声が一斉に上がり、議場が紛糾した。
福山氏は「安倍政権は何か起きると、必ず役人のせいにして責任を押し付ける。森友のときの財務省も気の毒だったが、文科省も内閣府も気の毒だ」と強く批判した。
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