STAP細胞論文をめぐる問題で、理化学研究所（理研）が不正調査や検証にかけた経費の総額が、8360万円に上ったことが分かった。一方で、論文の不正が確定した小保方晴子・元研究員には、論文投稿料の約60万円を返還請求するとしている。3月21日、毎日新聞などが報じた。
理研によると、疑惑が発覚してから約１年間にかかった主な経費の内訳は、ＳＴＡＰ細胞の有無を調べる検証実験１５６０万円▽研究室に残った試料の分析１４１０万円▽二つの調査委員会９４０万円▽記者会見場費など広報経費７７０万円など。弁護士経費など２８２０万円、精神科医の来所など関係者のメンタルケアに２００万円を支出していた。（中略）
ＳＴＡＰ不正問題の調査などの経費が膨らんだ背景には、理研の対応の迷走がある。不要論が根強かった小保方（おぼかた）晴子氏が参加した検証実験では、監視カメラを付けた特別の部屋を用意し、立会人を付けて実施したが、小保方氏の参加時には論文は撤回されていた。もし「胚性幹細胞（ＥＳ細胞）混入」について、残された試料の解析を当初から始めていれば「決着」はより早まったはずだ。検証実験の立会人の旅費だけで１８０万円かかっている。
（ＳＴＡＰ細胞:理研、調査に８３６０万円 突出した代償に - 毎日新聞より 2015/03/21 07:00）
一方で理研は、小保方氏に支給した研究費約2000万円などのうち、イギリスの科学誌ネイチャーに論文を掲載した時の費用の約60万円のみの返還を求めることにした。有信睦弘理事は20日の会見で、「実験は行われた。意図的に架空の結果をでっちあげるためになされたとは認定できない」と述べ、研究費全体の請求は難しいと判断したことを説明した。ただし、請求に強制力はなく、小保方氏が応じるかどうかは不明。
また、理研は小保方氏を刑事告訴するかどうかについても検討してきたが、証拠を集めるのは難しいなどとして告訴を断念。有信氏は「検事経験者らに相談したが、混入した者や行為の確定が困難なので刑事告発（告訴）を断念した」と説明した。
理研は追加の調査を行わない方針。そのため真相の究明は、事実上終結することになる。
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